VPS, вероятно, настроен для установки времени VM's, который он размещает, и Windows 2008 VM, вероятно, получает время от источника времени по умолчанию (time.windows.com)... Попытайтесь отключить свой VPS от установки времени VM и посмотрите, решает ли это Вашу проблему.
Если бы у Вас есть безопасное постоянное соединение между этими двумя сайтами (vpn) затем, я посмотрел бы на использование сервиса Репликации распределенной файловой системы (DFSR), доступного и в Windows Server 2003 и в Windows Server 2008. Часть Роли Файловых служб.