IIS по умолчанию не будет служить никакому файлу, для которого он не имеет допустимого отображения Типа MIME, и будет 404 ответ
Если .php расширению не определят тип MIME для него для веб-сайта, что Вы пытаетесь выполнить PHP затем, IIS не будет служить файлу, даже если будет соответствующий обработчик для того типа файла.
Просто проверенный менеджер IIS 7 на моем сервере и нет никакого отображения для PHP по умолчанию в списке Типов MIME, я подозреваю что, если Ваш веб-сайт существовал перед установкой FastCGI, он автоматически не добавляет отображение на существующие веб-сайты, тогда как при создании нового веб-сайта, FastCGI был уже установлен.
Я мог, конечно, быть абсолютно неправ относительно того последнего бита, но Расширение файла к проблеме отображения Типа MIME является средством защиты IIS - никакое отображение = никакие файлы, подаваемые с тем расширением
Я сохраню Вас некоторое чтение: просто используйте FastCGI. Модуль Apache является дырой в системе безопасности в поле, и CGI является медленным.