pam_exec может проверить пароли с помощью внешней программы.
Это не задача браузера, необходимо запустить скрипт в CLI.But, если у Вас нет доступа к CLI, затем просто добавьте те 2 строки в начале сценария:
set_time_limit(0);
ignore_user_abort();
Другое решение состоит в том, чтобы переместить файлы в блоки (например, 5 файлов на выполненный), выполнив перенаправление к тому же сценарию после каждой загрузки