Как знать, какой пользователь принадлежит какой IP на debian

Это не острота, но Вы могли скопировать блоки как это (в csh):

foreach file (`ls | head -n 1000`)
mv $file /tmp/new/dir
end

Я не на 100% уверен, что канал будет работать с количеством файлов, которые Вы имеете, но это стоит того, чтобы попытаться. Кроме того, Вы смогли делать 500 за один раз с этой командой, просто изменять это от 1000 до 500.