Вероятно, вам нужно установить пакет CLI (интерпретатор командной строки). В Ubuntu или Debian это можно сделать с помощью apt-get install php5-cli
Как намекнул Акирк, PHP, который запускает что-то на вашем веб-сервере, вероятно, не тот фрагмент кода, который запускает что-то из командной строки.
Не зная, какой дистрибутив Linux это есть / какие нестандартные конфигурации были применены, мы не можем посоветовать, как установить соответствующую версию PHP / определить местоположение существующей установки.
Большинство дистрибутивов разделяют mod_php (модуль Apache) и исполняемый файл командной строки PHP на отдельные пакеты. . Вам нужно будет найти пакет CLI и установить его.
Если вы считаете, что php уже установлен в системе, вы можете попробовать
locate php
найти программу.