Как Вы выполняете Nginx на порте 8080 и Apache на порте 80 на том же поле?

Документы сервера Apache являются Вашим другом: http://httpd.apache.org/docs/2.1/mod/mod_log_config.html#customlog

Записи CustomLog или в глобальной области видимости или в виртуальных хостах. В Ubuntu у Вас должны быть доступные сайтам и поддерживающие сайты каталоги. Если Вы не используете виртуальные хосты, это должно войти/etc/apache2/sites-availabe/default файл

Насколько я могу сказать, Вы не можете сделать пользовательских журналов на каталог, но это не должно слишком трудно относиться к тому, что Вы используете для парсинга апачских журналов

Вы уделили какое-либо внимание использованию веб-платформы, чтобы обработать загрузки и также зарегистрировать те загрузки к базе данных? Apache кажется громоздким для этого.

Вот пример в Myna, но можно сделать что-то подобное в PHP, ColdFusion, и т.д.:

ссылка в качестве примера:

download.sjs страница:

    // assumes a table a called "downloads" in the database "my_app" 
    // also assumes that the user has authenticated and has auth cookie

    var downloads = new Myna.DataManager("my_app").getManager("downloads")

    //clean the filename
    var filename = $req.rawData.f.replace(/\.\.\//g,"");
    //get the data...should really check for failure here
    var data = new Myna.File("file:/var/files/" + filename).readBinary();

    //log the download to the DB
    downloads.create({
        userid:$cookie.getAuthUserId(),
        filename:f,
        ts:new Date()
    })

    //send the binary data to the browser
    $res.prinBinary(data,"application/octet-stream",filename);