apachetop поможет Вам.
(источник: googlecode.com)
Я бы использовал классический метод контрольной суммы с архивами tar.
Достаточно простой в написании сценария, независимый от протокола и, безусловно, самый надежный метод.
Для протокола, я думаю, что я сам нашел кое-что сейчас (но ищу больше, если есть!):