Приложение подбрасывает какие-либо ошибки? Есть ли что-нибудь в журнале Приложения/Системы, который мог указать на возможную проблему? Возможно, приложение имеет своего рода утечку памяти. Также этот x32 или x64 система?
Из того, что Вы записали, я не могу вполне сказать, хотите ли Вы, чтобы аутентификация была в Apache (сервер) уровнем или php (приложение) уровень.
Если Вы хотите сделать это на уровне Apache:
Можно использовать основной / простая аутентификация с mod_auth_ldap модулем для ограничения доступа к конкретным каталогам и подкаталогам. При использовании этого необходимо использовать mod_ssl, таким образом, пароли не могут быть сниффинговыми.
Если Вы хотите сделать это на прикладном уровне с php, необходимо спросить в stackoverflow.