Используйте GPO для развертывания запуска компьютера сценарий, который выполняет следующий пакетный файл
net stop beep
reg add HKLM\System\CurrentControlSet\Services\Beep /v start /t REG_DWORD /d 4 /f
При вводе по абсолютному адресу того значения реестра с '4', эквивалент установки типа запуска к 'отключенному'.
Отредактированный для показа метода, который сделает, как Вы хотите с единственной перезагрузкой.
У меня была аналогичная проблема, и я решил ее с помощью fsck после быстрого исследования, которое привело меня к этой записи в блоге: http://rackerhacker.com/2008/10/13/ext3_dx_add_entry-directory-index-full/
NB: Я настоятельно рекомендую поддержать обработайте все свои данные, прежде чем делать что-либо, связанное с файловой системой.