Он отправляет его туда, где указан stdout для этого процесса. Более простой способ - использовать jstack, который предоставляется JDK. С помощью этого инструмента вы можете просто сделать:
jstack <pid> > thread-dump.out
Убедитесь, что вы делаете это как пользователь, от имени которого запущен процесс.
Что такое дамп потока, это моментальный снимок, представляющий, где все текущие потоки в этом процессе Java заняты в стеке. Существуют инструменты, которые позволяют легче анализировать необработанные дампы потоков, такие как VisualVM или TDA.
Конечно, это можно делать периодически, просто поместив такой оператор в задание cron.