Удостоверьтесь, что через загруженный файл ftp завершено

Вполне возможно получить битый файл, особенно если он довольно большой. Если они действительно маленькие (несколько строк), это маловероятно. Вы должны подумать о том, что произойдет, если вы прочитаете его, пока загружается новый, или если что-то прерывает загрузку.

Один из способов справиться с такими вещами - загрузить файл с временным именем, а затем переименовать это заменить реальный. Таким образом, настоящий никогда не бывает неполным.

Хотя вы можете сделать это из клиента, это немного неудобно, если загрузка выполняется вручную. (отлично, если они автоматические).

Однако довольно много FTP-серверов позаботятся об этом за вас.

Например, в ProFTPD есть опция конфигурации HiddenStores:

http://www.proftpd.org/docs/directives/linked/config_ref_HiddenStores .