Это основная проблема доступа. Вы хотите иметь двух пользователей с ограниченным доступом, и вы хотите, чтобы они каким-то образом обменивались файлами.
«Традиционное» решение - создать новую группу, поместить туда обоих пользователей и каким-то образом заставить файлы принадлежать этой группе. Тем не менее, у вас будут проблемы с доступом на запись, если вы не установите права доступа и с вновь созданными файлами. Оба варианта решаемы (каталоги umask и setuid).
Лучший способ, который не должен вас укусить позже, - это немного покопаться в структуре, посмотреть, какие каталоги должны быть доступны для записи, и изменить сценарий. Т.е. если у вас есть каталог кеша, куда пользователю nginx нужно писать - не синхронизируйте его через rsync и настраивайте разрешения, чтобы nginx мог писать туда.
В крайнем случае, будет root-скрипт (возможно, из cron или icron) для «исправления» "