Вы могли всегда просто перемещать важный материал от / var (/var/www,/var/lib/postgres,/var/svn и т.д.) к / домой и откладывать символьные ссылки на / var.
Судя по вашему описанию, похоже, что вам нужно настроить имя заголовка хоста для вашего веб-сайта в IIS. Поскольку вы не указали, какую версию IIS вы используете, я дам вам ссылку для IIS 6 и IIS 7:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc753195(WS.10).aspx
Браузер по-прежнему будет использовать исходный URL-адрес в своем запросе, который неизвестен серверу веб-хостинга. Вам нужно будет добавить это имя хоста поддомена на сайт me.etc в качестве псевдонима - как это сделать через хостера, зависит от них.