Интересно, можно ли использовать файловую систему без журналирования (или отключить журналирование в ext3). Вы также можете попробовать некоторые параметры настройки ext3 - например, noatime - tune2fs может помочь.
Btrfs - это новая buzzFS на данный момент ... судя по тестам, которые я видел, она сравнима с ext4 (или лучше). Если бы я начинал с новой системы, я бы предпочел (настроенный) ext4, затем, возможно, btrfs, затем (настроенный) ext3 для небольших файлов. Я бы не стал сомневаться по поводу ext2: old и стабильной и не имеет журналирования, но на самом деле не видел ее по сравнению с текущими ext3 / ext4 / btrfs.
Вам, вероятно, не следует использовать XFS для многих небольших файлов.