Проблема была, я должен был установить модуль Perl для FastCGI со следующей командой:
perl -MCPAN -e 'install FCGI'
Я не очень понимаю, что произошло, но каким-то образом это ожило. Ничего не менял, просто перезагрузил VPS. Это определенно странно.
Вам необходимо перезагрузить или перезапустить nginx .
Если бы вы этого не сделали, то перезапуск ОС принес бы вам то же самое (хотя это было вероятно, не нужно).