tracepath может показать Вам проблемы маршрутизации между этими двумя сайтами.
iperf, ttcp и bwping могут дать Вам полезную информацию.
Вы знаете, как эта ссылка на 1 ГБ настраивается? Вы соединяете мостом или направляете по этой ссылке? Каков Ваш SLA для ссылки? Вы могли, будучи сформированным Вашим поставщиком ссылки?
если Ваше единственное получение 40 КБ, то существует серьезная проблема, является Вами уверенный, что это не ссылка на 1 МБ, а не ссылка 1GB/s. Вы, вероятно, найдете, что скорость ссылки не то, что Вы думаете это она :-)
Нет ничего криминального. Из вашего вывода какой-нибудь скрипт (mb php) создает sql qury для db. Вы можете создать гораздо больше информации, используя флаг -s. Например:
strace -pPID -s1024 > /tmp/mysql.pid.strace 2>&1