У вас должна быть возможность использовать Диспетчер ресурсов файлового сервера , который может быть установлен с ролью File and Print Services, чтобы управлять тем, какие расширения разрешены в каких каталогах. Насколько мне известно, для этого нет встроенного в IIS способа, но FSRM прост и понятен и может также помещать квоты, использование электронной почты и другие полезные вещи в указанные папки.