Сами по себе права доступа к папкам не влияют на безопасность; однако они являются важным звеном между второстепенным эксплойтом и сервером pwn3d. Для сервера с выходом в Интернет вы должны абсолютно серьезно относиться к этому уровню безопасности и применять разумный принцип наименее необходимых привилегий.
Я не знаком конкретно с Joomla, поэтому я не могу точно сказать, какими должны быть разрешения для файлов и папок. . Тем не менее, я уверен, что есть руководства по правильной настройке.
Дополнительное примечание: я настоятельно рекомендую убедиться, что ваша Joomla и все связанное программное обеспечение (httpd и т.д.) обновлены и обновлены. Обычно именно здесь начинаются эти «незначительные подвиги».