В настоящее время (по состоянию на август) нет разницы в функциях между версиями с открытым исходным кодом и коммерческими вариантами. (см. http://news.slashdot.org/story/11/08/29/1653214/cloudstack-goes-open-source )
Вариант с открытым исходным кодом создан для большего количества дистрибутивов (коммерческий создан только для RHEL5 и RHEL6, в то время как OSS создан для Fedora и Ubuntu в дополнение к EL5 и EL6)
Что касается вопроса GPLv3, вы можете изменить CloudStack по своему усмотрению - вам нужно только распространить источник ваших изменений если вы распространяете изменения за пределами своей организации.