Я еще не могу добавить комментарий, но просто вопрос, почему бы не выполнить сервер VisualSVN на поле Windows 2008 только с Ядром установка ОС. Я держал бы пари, что платформа установки является столь же небольшой как Ubuntu, и Вы, возможно, просто скопировали свое все дерево каталогов VisualSVN в новое поле.
Очевидно, не помогает Вашей текущей проблеме, но просто любопытный при размышлении об этой опции и чем обоснование было для переключения всего этого вместе?