Неспособный к SSI включают некоторые сценарии CGI

Возможно, вам потребуется добавить заголовок Content-type к выходным данным CGI.

Вы уверены, что в журналах ошибок Apache поблизости ничего не отображается? (Вы их просматриваете или смотрите на них без фильтров?) Когда я пытался воссоздать вашу проблему, я вижу такие строки:

[Sun Dec 11 07:27:47 2011] [error] [client 192.0.2.1] unable to include "cgi-bin/echo.cgi"     in parsed file /var/data/www/www.example.org/ssi-test.shtml

... но они сопровождаются:

[Sun Dec 11 07:31:39 2011] [error] [client 192.0.2.1] malformed header from script. Bad header=/var/data/www/www.example.org: echo.cgi

Я подозреваю, что если вы добавите:

echo "Content-type: text/html"
echo ""

... в начало вашего скрипта, прежде чем появится любой другой вывод, ваша проблема исчезнет ... или, по крайней мере, эта ее часть исчезнет. : -)