Вы пропустили ряд важных концепций абстракции, которые поставляются с LVM. Логические тома не обрабатывают диски - они размещаются в группах томов. Группы виртуальных компьютеров, в свою очередь, состоят из физических томов, которые могут быть дисками. Короче говоря, группа VG не обнаружит отсутствующий PV - т.е. отсутствующий диск, поэтому вы не сможете получить доступ к логическим томам в группе.
Существуют процедуры восстановления , но обычно в виртуализированной среде вы все равно увидите доступность "все или ничего" - все файлы на диске будут содержаться в одном каталоге, который либо доступен со всем содержимым, либо не доступен вообще (если хранилище данных недоступно например).
Что касается эффективности хранения, рассмотрите возможность использования thin provisioning - «неиспользуемый» пространство в хранилище данных не требуется. Однако это происходит за счет более высоких административных расходов.