Вы должны иметь возможность настроить вход по ssh с ключами, как вы указали.
Убедитесь, что ваш sshd_config разрешает root logins
PermitRootLogin without-password
Затем скопируйте сгенерированный открытый ключ в /root/.ssh/authorized_keys.
. Теперь вы сможете войти в систему, просто скажите unison использовать сгенерированный вами ssh-ключ.
Sudo можно настроить так, чтобы не запрашивать пароль для некоторых или всех команд с параметром NOPASSWD
; но в любом случае я думаю, что было бы проще использовать ssh-ключи для доступа к удаленной системе напрямую как root; после настройки аутентификации без пароля unison должен вызываться следующим образом:
unison a.tmp ssh://username@remotehostname/a.tmp