chkconfig по существу создает символическую ссылку, скажем, из /etc/rc3.d/S85myapp на /etc/init.d/myapp. Убедитесь, что эти ссылки существуют. Я предполагаю, что это так, поскольку «chkconfig --list» показывает, что они «включены».
Поскольку вы можете выполнить /etc/init.d/myapp из приглашения, но это не происходит во время запуска, я предполагаю, что есть проблема с PATH, или что служба, которая вам нужна перед запуском myapp, фактически инициализируется после myapp. Помните, что сценарии в /etc/rc3.d (или на любом другом вашем начальном уровне выполнения) выполняются в порядке сортировки. Убедитесь, что в myapp есть все необходимое для запуска.
(Я предполагаю, что есть проблема с PATH)