Я не рекомендовал бы Вам оставить незашифрованным POP3 доступный. Можно использовать этот stunnel на поле Linux (см. http://www.sysdesign.ca/guides/secure_pop3.html, например) обеспечить POP3s.
Это не только защитит Ваш почтовый доступ от украденных паролей, но также и решит Вашу проблему, поскольку связь будет установлена локально. Я рекомендую сделать то же для SMTP также, но необходимо будет оставить порт 25 доступными для входящей корреспонденции.
Вы просматривали журналы доступа и ошибок? Я бы сделал это первым. Я бы также попытался отключить любые файлы .htaccess, используемые этим виртуальным хостом. Могут быть какие-то плохие правила или флаги php, которые не нравятся новому серверу.