Ваше соединение FTP и Ваше соединение SSH полностью отличаются. В зависимости от того, как настроен FTP, Вы можете или не можете приземлиться в том же месте как свой FTP. Попытайтесь загрузить файл через FTP и посмотрите, видите ли Вы его в том же каталоге, как Ваше соединение SSH сажает Вас в. В противном случае можно ли перечислить каталог? Посмотрите, можно ли перейти вокруг на SSH и найти те файлы, Вы видите на своем сеансе FTP.
Иначе не повредило бы просто спрашивать Вашего поставщика услуг хостинга и/или читать FAQ.
Вам необходимо настроить SSL для вашего VHost на: 443 ...
SSLEngine On
SSLCertificateFile /path/to/crt.crt
SSLCertificateKeyFile /path/to/key.key