Получите список медленных запросов, на основе этого списка проверяют, есть ли у Вас надлежащие индексы для таблиц.
Индексы могут замедлиться существенно при пропавших без вести. В случае, если Вам нужен mysql настройка, необходимо будет сделать профилирование mysql, искать Google это. HTH
На вопрос самой Microsoft ... они подтвердили, что вам нужно полное доверие леса, "простого" доверия между двумя доменами недостаточно.