уберите может помочь Вам управлять файлами, но все еще необходимо заботиться о зависимостях и таком.
Puppet не может управлять этими изменениями? Если вы уже используете его, зачем усложнять ситуацию, используя что-то еще? Я вижу, что это может быть проблематично, если Puppet не был построен с возможностью масштабирования в уме.