Как настроить апача к стандартной аутентификации или позволить когда ntlm при проксировании?

Если вы не выполняете аутентификацию на прокси-сервере, то между ISA-сервером и клиентом будет происходить нормальный процесс аутентификации.

Если это сработает для вас, то это предложение что я сделаю; на самом деле нет возможности выполнить двойную аутентификацию в одних и тех же заголовках на обоих разных серверах, если только оба сервера не выполняют базовую аутентификацию с одинаковыми учетными данными.