Виртуальный хост имеет только один корневой каталог документов; apache не имеет понятия «подсайты».
Вы можете сделать исключения из этого, добавив псевдоним, указывающий на расположение файловой системы вне корневого каталога документа, но следите за тем, в каком порядке вы определите их: первое совпадение побеждает, поэтому вы должны упорядочить их от наиболее конкретных до наименее конкретных.
Если все URL-адреса размещены в одном домене / IP-адресе, вы можете использовать mod_rewrite для перезаписи URL-адресов в соответствии с указанными вами правилами.