почему существуют значительные различия во время 1-го и 2-го пакета и затем очень небольшой разницы между 2-м и 3-м пакетом в квитировании TCP?
Точно, что сделало Вас "вкусная установка"?
Я не могу действительно следовать, каковы отношения beween Ваша вкусная команда и апачская конфигурация.
Это потому, что вы захватываете со стороны инициатора. Устройство, которое выдает первый и третий пакеты. Из-за этого разница во времени между 2-м и 3-м пакетами должна составлять менее миллисекунды. Время между 1-м и 2-м пакетами будет определяться задержкой в сети.
Лучше сравнивать временные дельты 1/2 и 3/4. Они бы измеряли то же самое.
Это может быть по многим причинам. Насколько большую разницу вы измеряете? Куда и от каких устройств вы измеряете? Одна из причин может заключаться в том, что первые пакеты запускают создание туннелей VPN в сети. Другая причина может заключаться в том, что принимающему приложению требуется больше времени для обработки начального SYN, чем для последующих пакетов.
И хотя вышеупомянутые причины могут иметь место, на основе ответа в вашем комментарии ответ @ sysadmin1138 правильный в этом случай: вы захватываете инициатор, который наклоняет измерение в этом направлении. Если бы вы выполняли захват на приемнике, вы бы увидели разные результаты: в основном, время между SYN-ACK и ACK было бы большим.