Опасения Securtiy по поводу прав доступа веб-сайтов IIS - Ограничивают их, чтобы не смочь считать c:\ и т.д.

Запускайте соответствующие программы под очень ограниченной учетной записью - той, которая не имеет разрешений на запись или выполнение за пределами вашего местоположения веб-содержимого.