Предположительно, это из-за загрузки вашей системы - у вас есть более 30 процессов, ожидающих в настоящее время CPU. время
Судя по выводам команды top, похоже, что некоторая тонкая настройка вашей конфигурации MySQL может быть в порядке. Около половины вашей оперативной памяти не используется, и разрешение MySQL использовать ее для кэширования может помочь уменьшить время ожидания ваших процессов Apache.
Как только Apache перестанет загружать ваше время iotime, вы обнаружите, что тесты командной строки завершаются намного быстрее.