Использование CDN для данных HTTPS требует специальной настройки.
Проблема в том, что CDN представляет свой сертификат SSL вместо вашего. Это вызывает несоответствие в браузере.
Вам нужно будет связаться с CloudFlare, чтобы узнать, поддерживают ли они SSL через CDN. Даже в этом случае домен SSL может не быть вашим доменным именем. Часто это случайный домен CDN.
Я полагаю, вы не следовали инструкциям CloudFlare по добавлению SSL в домен. Это платная услуга.
http://www.cloudflare.com/wiki/How_do_I_add_SSL_support_for_a_domain%3F