Только служите запросам определенному домену?

Когда вы настраиваете Nginx, настройте свой «серверный блок» как конкретный, а не общий. Этот будет только собирать трафик, идущий на www.domain1.com.

http {
  index index.html;

  server {
    server_name www.domain1.com;
    access_log logs/domain1.access.log main;

    root /var/www/domain1.com/htdocs;
  }
}

А этот забирает весь трафик на порт 80.

http {
  index index.html;

  server {
    listen 80 default_server;
    server_name _; # This is just an invalid value which will never trigger on a real hostname.
    access_log logs/default.access.log main;

    server_name_in_redirect off;

    root  /var/www/default/htdocs;
  }    
}

Дополнительная информация: http://wiki.nginx.org/ServerBlockExample