Полномочия пользователя, добавленные с набором-acl, не становятся наследованными в файлы и подпапки

Требуется больше флагов наследования; конструктор, который вы используете для создания ACE, передавая только три аргумента, не указывает, как ACE должен наследовать.

Попробуйте следующее:

$Ar = New-Object system.Security.AccessControl.FileSystemAccessRule($user_account, "FullControl", "ContainerInherit, ObjectInherit", "None", "Allow")