Пакеты не обязательно существуют в вакууме - возьмем пример обновления пакета базы данных и его преобразования файлов данных в новый формат при запуске. Во время процесса обновления пакета это не фиксируется.
Наиболее последовательный метод отката, который вы найдете, - это моментальный снимок и откат всей системы (привязка виртуальной машины или файловой системы с возможностью создания снимков), и даже это не пуля -proof - обновление пакета в одной системе потенциально может повлиять на другие узлы в сети.