Думали ли вы о создании двух конфигураций и обычном запуске logrotate для одной конфигурации.
Для конфигурации UTC запустите logrotate через оболочку:
#! /bin/sh
TZ=UTC
export TZ
PATH=/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin
export PATH
logrotate -s /var/lib/gmt-logrotate.status gmt-logrotate.cfg
exit $?
Разбив их, вы можете разделить время запуска каждой из конфигураций logrotate.