Если цепочка file_get_contents-> mcrypt_encrypt-> mcrypt_decrypt-> file_put_contents не работает над файлами PDF (почему не должен быть), можно ли все еще рассматривать ее как двоичные данные, не текст.
Или более систематическим способом используйте EncFS и создайте зашифрованную точку монтирования и храните документы там.
LDAP: no space left on device, cannot be recovered, err 28 .
Есть ли у вас привод действительно есть свободное место? Если да, то действительно ли он смонтирован как rw (проверьте вывод команды 'mount'. Если он отображается как 'ro', возможно, у вас плохой диск)?