.htaccess и .htpasswd файлы являются просто текстовым файлом, таким образом, можно создать их, локально затем загружают их
Для создания файла, запускающегося с на окнах, см. http://www.htaccesstools.com/htaccess-faq/
Для создания зашифрованного пароля для .htpasswd файлов, можно использовать http://www.htaccesstools.com/htpasswd-generator/
Если вы действительно сделали это cat id_rsa.pub
authorized_keys
не будет содержать открытый ключ, соответствующий частному ключ, который вы используете, поэтому ssh вернется к аутентификации по паролю. Для решения проблемы
cat id_rsa.pub >>authorized_keys
добавьте новый открытый ключ в ваши authorized_keys.