Есть ли шанс конфликта IP-адреса? Если сервер имеет статический адрес, он накладывается с какими-либо пулами DHCP? Помните, что Ваш пул DHCP Windows не может быть единственным в Вашей среде, особенно если у Вас есть устройства как устройства VPN или контроллеры WLAN.
Там другие VMs совместно используют тот же физический сетевой интерфейс? У них все есть сетевое соединение, когда этот не делает?
Исключите URI, содержащие "/ phpmyadmin /", если вы не хотите, чтобы они перенаправлялись:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/phpmyadmin/.*
Или просто переместите объявление своего псевдонима перед Directory или Location
Alias /phpMyAdmin /var/(...)
<Location />
RewriteEngine on
# (...)
</Location>
С помощью wa: используйте Location с url ('/'), а не 'Directory'.