Должен быть прекрасным - то, что они - оба Серверы баз данных, не важно, когда они связываются на различных портах. MySQL обычно работает на порте 3306, и MSSQL Разъединяют на портах 1433 и 1434.
У Вас могут, возможно, быть проблемы производительности, выполняющие обоих, но иначе они должны заняться своим делом.
Если это имеет значение я рекомендовал бы виртуализировать MySQL вместо того, чтобы добавить его к другому серверу, особенно если это - рабочий сервер - делает поиск и устранение неисправностей и удаление настолько легче!
Самый простой способ - указать всем вашим клиентам на определенное DNS-имя при настройке соединений. Когда вам нужно переключить серверы, вы просто назначаете это DNS-имя новому серверу.
При подготовке к этому вы можете снизить значение TTL для записи DNS до очень маленького значения, чтобы изменение могло распространиться быстро.