Может и AppHostOnly должен быть изменен для IIS7?

В первую очередь, будьте осторожны с ограничениями файловой системы. Вы никогда не будете хранить больше, чем 2^32 файлы в ванильной файловой системе EXT3, поскольку существует предел на максимальное количество inodes (проверьте df-i). В дополнение к этому существуют максимальные пределы размера FS и такой для рассмотрения.

Во-вторых: у Вас должны действительно быть файлы в файловой системе? В зависимости от того, как получают доступ к файлам, Вы могли бы найти, что поправляетесь (и намного более предсказуемый) производительность путем помещения файлов в базу данных. В дополнение к этому базы данных намного легче обработать, скопировать, переместиться и т.д. Любое проектирование приложений, которое включает миллионы файлов, испорчено и возвратится, чтобы укусить Вас трудно в будущем.