Доверенные корневые центры сертификации - это один из тех GP, которые ДОЛЖНЫ быть установлены либо в политике домена по умолчанию (не рекомендуется), либо в другом на корень домена. У вас может быть только одна политика для домена.
Убедитесь, что для вашего домена действует только одна политика сертификатов. Это можно сделать, запустив результат GP на рассматриваемой машине.