Существует две причины этого поведения:
Конечно, «sudo -Hu usr_jan» будет делать все от имени этого пользователя, со своим домашним каталогом, а не root. Используйте sudo cp -pr / home / cloud9 / c9 / support / npm / mnt / ws / users / jan /, если вы хотите сохранить разрешения из исходного каталога. cp -p сохраняет права владения / права при запуске от root.