Не то, чтобы это - большой ответ, но Microsoft определенно не поддерживает PST по LAN.
Обязательно используйте в сценарии абсолютные имена путей.
Например:
do "../perlscript.pl";
do" /var/www/perl/perlscript.pl";[1232estiveТо же самое со всеми вашими открытыми (...) ;
операторы.
Вот хороший фрагмент для поиска каталога сервера, в котором находится сценарий.
#!/usr/bin/perl
use Cwd;
print "Content-Type: text/plain\n\n"
print getcwd(), $/;