Необходимо сделать это, имеет сценарий запуска в GPO.
apt-get remove empathy aptitude keep-all
Это потому, что вы установили Gnome метапакетами, а не выборочными пакетами. Подробнее об этой проблеме можно прочитать в этом сообщении:
http://forums.debian.net/viewtopic.php?f=10&t=39045#p229130