Файл, загруженный wget, имеет неправильно кодирование

Это должно быть прекрасным, единственная вещь быть осторожным состоит в том теперь, когда IIS 7 и выше может использовать web.config файлы в содержании для хранения их настроек (как просмотр каталога и другие), Вы могли столкнуться с проблемой, что, изменяя значение для у каждого будет побочный эффект изменить другой также, так как они оба совместно используют тот же web.config. Один способ достигнуть этого, не влияя на другой состоит в том, чтобы использовать пути в ApplicationHost.config или корне web.config в зависимости от того, если Вы изменяете настройки ASP.NET/WCF или IIS. Но кроме этого у Вас не должно быть проблем.