Необходимо запустить кота с различных оснований catalina. Этим может управлять, например, переменная среды CATALINA_BASE. Та переменная должна указать на местоположение, содержащее conf, журналы, временный файл, веб-приложения и подкаталоги работы. Затем можно поместить в соответствующий conf и каталоги веб-приложений конфигурации и веб-приложения, которые Вы хотите для отдельных экземпляров.
Таким образом, что-то вдоль тех строк приведет Вам два примера:
SET CATALINA_BASE=/home/tomcat_inst1/
tomcat start
SET CATALINA_BASE=/home/tomcat_inst2/
tomcat start
Конечно, как другие люди записали, необходимо удостовериться, что порты прослушивания для любых коннекторов отличаются в каждом экземпляре.
Также посмотрите здесь: http://www.jguru.com/faq/view.jsp?EID=1121565