Не может правильно считать файлы на локальном сервере

Я начал бы свое открытие, если проблема находится в Apache или если проблема находится в MySQL. Чтобы сделать это с Apache, можно посмотреть на время отклика Apache в мс с %... Опция D в mod_log_config. Для MySQL можно контролировать времена запросов. Журнал Медленного запроса является одним способом сделать это для MySQL. Другой способ видеть, является ли это MySQL с большей точки зрения фронтенда, состоит в том, чтобы видеть, является ли Apache медленным раздаванием статического содержания только. Если бы один из них занимает больше времени, чем Вы ожидали бы, чем Вы знаете, куда пойти оттуда.

Можно также, конечно, проверить использование системного ресурса с инструментами как вершина, vmstat, и iostat. Наконец, Вы могли бы также иметь, обновляют Ваши модули языка (т.е. mod_php), и Ваша проблема могла быть там также (или даже сетевые проблемы и т.д.).